Il Protein Data Bank (PDB) è un archivio per dati di struttura in 3-D di proteine e acidi nucleici. Questi dati, ottenuti soprattutto grazie alla cristallografia ai raggi X o alla spettrografia NMR, depositati da biologi e biochimici di tutto il mondo, sono di pubblico dominio e sono accessibili gratuitamente. Il database è il deposito centrale dei dati biologici di struttura.
Storia
Fondata nel 1971 dal Brookhaven National Laboratory, la dirigenza del Protein Data Bank è stata trasferita nel 1998 a membri della Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB).
Il Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) consiste nell'organizzazione che si esplica nell'inserimento, nell'analisi dei dati e nella distribuzione dei centri di raccolta dati PDB. I membri fondatori sono PDBe (Europa), RCSB PDB (USA), e PDBj (Giappone). Il gruppo BMRB (USA) si è unito al wwPDB nel 2006. La missione del wwPDB è di mantenere un unico archivio Protein Data Bank di dati di strutture macromolecolari che sia liberamente accessibile alla comunità globale.
Il PDB è una risorsa chiave nella biologia di struttura ed è fondamentale in alcuni recenti studi sui genomi strutturali.
Svariati database secondari e progetti sono stati sviluppati per integrare e classificare il PDB in termini di struttura funzione ed evoluzione delle proteine.
Crescita
Quando il PDB fu fondato, conteneva appena 7 strutture proteiche. Da allora si è reso protagonista di una crescita pressoché esponenziale nel numero di strutture, che non mostra alcun segno di rallentamento.
La percentuale di crescita del PDB è stato oggetto di analisi molto attente.
Contenuti
Il 26 dicembre 2010, il database ha raggiunto quota 70231 coordinate atomiche rilasciate, 64995 delle quali proteine, il resto formato da acidi nucleici, complessi acidi nucleici-proteine e alcune altre molecole. Circa 5000 nuove strutture sono rilasciate ogni anno. I dati sono immagazzinati in formato mmCIF specificamente sviluppato per lo scopo.
Nota che il database contiene informazioni sull'esatta posizione di tutti gli atomi in una grande biomolecola; se si è interessati solo alla sequenza dei dati, alla lista degli amminoacidi che formano una particolare proteina o alla lista dei nucleotidi che formano un particolare acido nucleico, è consigliabile l'utilizzo dei più completi database creati da Swiss-Prot e dall'International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
Voci correlate
Altri progetti
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Collegamenti esterni
- (EN) Protein Data Bank Europe, su ebi.ac.uk.
- (EN) Worldwide Protein Data Bank, su wwpdb.org.